Um zu gewährleisten, dass eine gewisse Balance zwischen den einzelnen Clans besteht, wurden sie auf zwei verschiedene Dörfer verteilt. Einzig und allein die Kategorie "Unabhängige Clans" haben die freie Dorfwahl.

Konohagakure no Sato:
Aburame
Akimichi
Inuzuka
Nara
Senju [Mokuton]
Tamehiro
Uchiha


Kirigakure no Sato:
Sukami [Bakuton]
Hyuuga
Kaguya
Rakuhara [Puppenspiel]
Shimori [Hyouton]
Yamanaka

Unabhängige Clans:
Kumo [Spinnenmenschen]
Yatamura [Kinton]
Ryuusha [Sunaton]
Kādo Gijutsuka [Kartenkünstler]